歴史の授業が始まったら、歴史に集中すべきですか？地理が抜けてしまわないか不安です。

5年生の今の時期には歴史の学習を優先することがよいと思われます。
暗記に時間がかかるならばなおさらです。
この時期のテストは歴史が中心であること（早稲田アカデミーの組分けでは地理が出題されない）に加え、暗記＝テストの結果となることとで、学習の目標が立てやすく、また学習した内容がそのままテストの結果となるのでモチベーションアップにつなげやすくなります。

最近の入試傾向から、社会でも記述問題が多く出題されるようになりました。
それに対応するためには、知識は正確に身につけた上で、それを自在に使えるようにすることが必要となります。
その為には5年生のこの時期に歴史分野の深い理解ができることが望ましいと考えます。

もちろん地理分野に対するご不安は最もです。
歴史の学習を優先的に行いつつ、日々の学習の「すきま時間」で白地図教材の取り組みをお勧めします。
白地図教材は単元別にハッキリ分かれているため、短時間での知識の確認が容易に行えます。
また、歴史の学習の中でも地図帳を用いて史跡の場所を確認するなど、地理の感覚を鈍らせない学習を取り入れていくことも効果的でしょう。

暗記の学習は「一気に行う」ことが大変難しいもので、日々の継続した学習が必要不可欠です。
「夜寝る前15分暗記、朝起きたら5分で確認」といった短時間なもので構いませんので、ぜひ日々の学習サイクルの中に取り入れていってみてください。

また、社会の知識は相互の関連づけが必要です。
暗記の確認の際に「マインドマップ」を利用して知識の確認・整理することは非常に効果的です。
地理・歴史・公民の知識を関連づけて暗記することができれば、6年生後半からの過去問演習を含めた復習の際に、スムーズに学習を進められることでしょう。