最近子どもがやる気を出してきたのに、塾からの指示が不明瞭なのもあって、何をしていいか分からず困っています。

ご相談ありがとうございます。

日能研にお通いで、今の段階でお子さんにやる気が出てきているとのこと、とても良いことです。
自発的に塾の先生に成績が上がる方法を聞いてみるという行動は、なかなかできることではありません。

とはいえ、何をどのように頑張れば結果が出るのか分からないまま頑張り続けるのは、大人でも難しいことです。
できるだけ、頑張りを向ける方向を一緒に考えてあげたいものです。

実際のところはお子さんの答案やノートを拝見しないと何とも言えませんが、5年生の間はあまり勉強をしてこなかったとのことですので、「基礎の抜け漏れの確認とその定着」の優先順位が高い可能性は大きいです。

特に算数については、受験に必要な単元は5年生までにほとんど学習しており、6年生はそれらをさらに応用・発展させていく段階とされています。

5年生で学習した内容が、塾の授業でまったく確認・解説されないというわけではありませんが、授業の主な目標はさらに発展させていくことです。

6年生の授業は、ある程度5年生の学習内容が身についている状況で臨まないと、本人は分かったつもりになっていても、理解が浅く、(本人にとっては)原因は分からないけど「テストになると解けない」という結果になるリスクが高まります。

とはいえ、すべての単元を一からやり直すといったことはできないので、優先順位をつける必要があります。
育成テストや公開テストの結果が悪かった単元・分野を洗い出してみたり、お子様ご自身が不安に思っているところをヒアリングしてみるのも良いでしょう。

どこを強化するか優先順位を付けた後は、「どのように取り組む時間を確保するか」が課題となります。

日能研の6年生は、かなり忙しいカリキュラムを組んでいます。
「すべてを順調にやりきることはほとんどの子にとっては難しく、できないことがあって当たり前」という意識で、如何に必要なことに優先順位をつけて効率的に取り組むかがカギです。

ただここが非常に難しく、本当に「効率的に」取り組もうと考えたら、

・お子様の状況（できていること・とできていないことなど）を正確に把握しておくこと
・目標（志望校）から考えて、どれくらいのレベルの問題を解けるようにしておく必要があるのかを知っておくこと
・どのテキストを使うか、その中でもどの問題を扱うか、お子様に状況によって適切に判断できること

といったことが求められます。
もちろん、ご家庭でそれができればあとは取り組むのみですし、難しければ積極的に専門家にアドバイスをもらう方がよいでしょう。

最寄りのSS-1の教室でも随時学習カウンセリングを承っております。
塾の先生にご相談しづらい状況が続くようでしたら、ぜひご検討ください。
お子さんの状況を分析しながら、適切なプランを考えるお手伝いをさせていただきます。