6年生になると夜1時2時まで起きて勉強するのが当たり前なのでしょうか？

お子さんの健康を考えると、夜は12時までに就寝させてあげたいですね。
しかし希学園のお子さんに関しては、ご質問のように体の許容限度を超えて深夜まで勉強しているケースが目立つようです。

塾が連日17時から21時過ぎまであるので、帰宅が22時を回ってしまうこと（遠距離の方だと23時ごろになるようです）、そして宿題量も多いことが要因です。
帰宅してすぐ宿題にとりかかっても、じっくり解くタイプのお子さんですとどうしても夜1時ぐらいまでかかってしまうようですね。
受験スタイルとしては特異な状況ですが、希の中では（特に上位層については）スタンダードな生活リズムといえます。

お子さんの気力と体力が充実しているのであれば、「深夜まで起きて勉強し続けるのが希のスタイルだ」と割り切るのも一つの見識です。
ただ体にとっては異常な状況であることに変わりはないので、長期にわたることは避けましょう。実力を固めていくために小6の6月～11月はある程度無理をし、入試直前期は心身共にコンディションを整えていくようにする、ぐらいが良いように思います。

お子さんの健康が気になるのであれば、学習効率を高めて家庭学習時間をコンパクトにまとめていく選択をしましょう。

まず授業中に、十分理解できた問題には「○」不安が残る問題には「△」全く分からなかったものには「×」という具合に、その場で印をつけておきます。居残り自習をするのであれば、先生に質問をして「×」をできるだけ減らしてください。
SS-1での指導時に「△」と「×」をまとめて解消してもいいですね。
帰宅後は「○」をさっと確認して、「△」を解消します。「×」は時間がかかるので手をつけず、先に宿題に取りかかる方が賢明です。

宿題の中でも優先すべきものとそうでないものがあるので、その選別もしてください。「×」に自力で取り組もうとすると、得られる成果に見合わないぐらい多大な労力がかかりますので、注意しましょう。

労力と成果のバランスに着目して、健康的な受験生活を過ごしてもらいたいと思います。