6年生の算数の演習教材の問題数すごく多いです。どうすればこなしていけるのでしょうか？

5年生の教材と比べると、6年生の算数平常授業の演習用教材は、量が多めですね。
学年が上がるにつれ、1年間で学習する量が多くなるので（6年生では1年足らずで受験算数のすべてを学習することになります）、平常授業をこなすだけでも大変だと思います。

お子さんの所属するクラスでしたら、Basic問題までが宿題となると思いますが、Basic問題も5年生のときと比べると量も2倍近くになり、難易度も高くなっています。
裏を返せば、一部を除く多くの学校の受験では、平常授業の内容をきちんとこなしておくだけで十分対応できるくらいの質と量になると言えますね。

「女子トップレベル算数」はオプション講座で、女子中の中でも関西では神戸女学院中学部、四天王寺中学校などを目指すお子さんを対象にしたものですから、お子さんの場合、あえて受講する必要性は低いようです。

平常授業と日曜特訓の内容を丁寧に学習していくことを心がけるのが、ゴールへの近道になると思います。
各科目の平常授業を基本に6年生の学習をスタートしてみて、一週間の学習が円滑に進行していくかを確認してからのオプション講座検討でよいかと思います。
実り多き一年になることをお祈りしています。