通えるのであれば、本部教室に通ったほうがいいでしょうか？

最難関校を目指すのであれば、西宮教室と上本町教室が中心となっていますので、いずれかへ通ったほうがいいでしょう。
地方教室では、有力といわれている講師の参加が期待できなかったり、クラス数が限定されていたりして、必ずしも希望に見合った指導が受けられるとは限りません。

逆に、基礎学力をしっかりと身につけることを主眼に置くのであれば、小さい教室の方がきめ細かいケアや親身になった相談が充実している分、満足度が高いといえます。