日曜志望校タイプ別特訓が始まったのですが...

ご相談ありがとうございます。
西大和学園中学を目指して馬渕教室にお通いなのですね。

貴重な日曜日を長時間拘束されるため、慎重に判断したい問題ですね。
そのコースを選択する事でどのようなメリット、デメリットがあるかを考えましょう。

小６上半期は、未習の単元や掘り下げの足りない単元が残っている関係で、本格的な過去問対策はまだ取りづらい状態です。そのため、志望校と異なるコースだと対策が疎かになるなどの問題は特にありません。

塾から女子の洛南コースを奨められたということですので、成績優秀なのでしょう。
女子の場合、合格偏差値だけで見れば洛南の方が高いため、上昇志向の強い生徒が集まりやすいと思われます。
そういった環境で切磋琢磨することは、お子さんの受験への意識に良い影響を与えるかもしれません。

ただ気を付けていただきたいのは、西大和コースは4科目とも授業を実施するのに対し、洛南コースは算数、国語の２科目だけという点です。これは洛南の入試配点が国語、算数が150点ずつなのに対し、理科、社会が50点ずつであることを意識してのことだと思われます。
しかし、西大和は国語、算数が150点ずつ、理科、社会が100点ずつなので、理科、社会を軽視するわけにはいきません。

もし洛南コースに通われるなら、そのフォローをどうするのかを考える必要があります。
物理的な時間も限られているため、お子さんの宿題の回り具合やお子さんの性格、理科、社会へのフォローの有無によって選ばれるといいでしょう。